違いを一文で説明すると
Markdown は書式記号を含む編集可能なプレーンテキスト、PDF はページのレイアウトを保持する文書形式です。内容を引き続き編集するなら Markdown を保管し、整えたページを読んでもらうなら PDF を送ります。
| 用途 | Markdown（.md） | PDF（.pdf） |
|---|---|---|
| 文章の編集と再利用 | 任意のテキストエディターで開いて編集できます。見出しもコードもテキストのままです。 | 対応ソフトで文章を編集できますが、大幅な修正にはページレイアウトが制約になります。 |
| 閲覧・共有・印刷 | 見た目はアプリとテーマによって変わり、固定の改ページはありません。 | ページの寸法とレイアウトを保持し、ブラウザーや PDF リーダーで開けます。 |
| Git での変更追跡 | 行単位のテキスト差分を簡単に確認できます。 | 通常のテキスト差分は適しません。表示されたページや抽出したテキストを比較します。 |
| コードと数式 | コードは再利用できます。数式の構文には対応したレンダラーが必要です。 | 描画結果を表示できますが、元の数式ソースを取り出すには不向きです。 |
| 画像 | 通常はパスや URL で画像を参照します。ローカルの画像をファイルと一緒に保存してください。 | 文書内に画像を埋め込めます。出力に実際に含まれているか確認してください。 |
| コメントとレビュー | エディターのコメント、リポジトリのレビュー、リンクした議論を使います。 | 多くの PDF リーダーで注釈を付けられます。文章の変更履歴を付けて渡すなら DOCX が適する場合が多いです。 |
保存した後の用途で選ぶ
Obsidian のノート、README、研究草稿には Markdown を選びます。ページを組み直さずに段落を修正したりコードをコピーしたりできます。テキストだけのファイルは通常小さいですが、付属の画像フォルダーは大きくなる場合があります。
誰かが読む・印刷するレポートには PDF を選びます。送る前に幅広の表や長いコード行を確認してください。PDF はそれ自体が読み取り専用、改ざん防止、記録保存規則への適合を保証するものではなく、それらは文書と運用手順次第です。
実用的な流れ：原稿は Markdown、受け渡しは PDF
編集中は project-notes.md を保管し、画像フォルダーを隣に置きます。確認済みの版を送るときに project-notes.pdf を作成します。後で原稿を変更したら PDF も作り直し、内容の食い違いを防ぎます。
Markdown から PDF への変換では、レンダラーがフォント、余白、改ページを決めます。PDF を Markdown に戻すと、表の構造、読む順序、数式のソースが失われることがあります。今後も編集するなら元の Markdown を保管してください。
ChatGPT の会話の場合
ChatShell は現在の会話を直接 PDF または Markdown に出力できます。PDF はブラウザー内で生成し、フォントを取得する場合があります。Markdown はノートアプリ向けに文章を保持します。画像も必要なら画像オプションを有効にし、ダウンロードしたファイルをまとめて保管してください。
Pro の一括出力は HTML、Markdown、DOCX、JSON に対応し、PDF には対応していません。Word で編集するなら DOCX、構造化データを処理するなら JSON を選びます。JSON を出力しても、別のサービスに会話が自動復元されるわけではありません。