用一句話說明差異
Markdown 是含有格式標記、可編輯的純文字；PDF 是保留頁面版面的文件格式。還要繼續修改內容時，保留 Markdown；讀者需要排好版的頁面時，傳送 PDF。
| 用途 | Markdown（.md） | PDF（.pdf） |
|---|---|---|
| 編輯與重複利用文字 | 可在任何文字編輯器中開啟和修改；標題和程式碼仍是文字。 | 可用適合的軟體編輯文字，但頁面版面讓大幅修改較不方便。 |
| 閱讀、分享與列印 | 外觀取決於應用程式和主題，沒有固定分頁。 | 保留頁面尺寸和版面，可在瀏覽器與 PDF 閱讀器中開啟。 |
| 用 Git 追蹤變更 | 可輕鬆逐行查看文字差異。 | 一般的文字差異比對不適用，應比較呈現後的頁面或擷取的文字。 |
| 程式碼與公式 | 程式碼便於重複利用；數學語法需要相容的轉譯器。 | 顯示轉譯結果，但較難還原公式的原始語法。 |
| 圖片 | 通常透過路徑或網址引用圖片；本機素材須與檔案一起保留。 | 可將圖片嵌入文件，但應確認匯出時確實包含圖片。 |
| 註解與審閱 | 使用編輯器註解、儲存庫審閱或連結的討論。 | 許多 PDF 閱讀器支援註記；若要追蹤文字修訂，通常交付 DOCX 更合適。 |
依儲存之後的用途選擇
用於 Obsidian 筆記、README 或研究草稿時，選擇 Markdown。修改段落或複製程式碼區塊不必重新排版。純文字檔通常較小，但隨附的圖片資料夾可能大得多。
要交給別人閱讀或列印的報告，選擇 PDF。傳送前檢查寬表格和過長的程式碼行。PDF 並非天生唯讀、防竄改或符合紀錄保存規定；這些要求取決於文件與你的管理流程。
實用流程：Markdown 作為原稿，PDF 用於交付
編輯時保留 project-notes.md，並將圖片資料夾放在旁邊。需要傳送審閱後的版本時，產生 project-notes.pdf。之後若修改原稿，應重新產生 PDF，避免兩份內容不一致。
Markdown 轉 PDF 需要轉譯器決定字型、邊界和分頁。將 PDF 轉回 Markdown 時，可能遺失表格結構、閱讀順序或公式原始碼。若預期還要修改，請保留原始 Markdown。
用於 ChatGPT 對話時
ChatShell 可將目前對話直接匯出為 PDF 或 Markdown。PDF 在瀏覽器內產生，可能需要取得字型。Markdown 保留文字，方便筆記應用程式使用；若還需要下載圖片，請開啟圖片選項，並將下載的素材一起保存。
Pro 批次匯出支援 HTML、Markdown、DOCX 和 JSON，但不支援 PDF。要在 Word 中編輯，選擇 DOCX；要進行結構化處理，選擇 JSON。匯出 JSON 不會自動把對話還原至其他服務。