一句话说明区别
Markdown 是带有格式标记、可以编辑的纯文本；PDF 是保留页面版式的文档格式。还要继续修改内容，就保留 Markdown；要把排好版的页面交给别人阅读，就发送 PDF。
| 任务 | Markdown（.md） | PDF（.pdf） |
|---|---|---|
| 编辑和复用文字 | 任何文本编辑器都能打开和修改，标题和代码仍是文字。 | 合适的软件可以编辑其中的文字，但大幅修改时容易受页面版式限制。 |
| 阅读、分享和打印 | 外观取决于使用的应用和主题，没有固定的分页。 | 保留页面尺寸和版式，可在浏览器或 PDF 阅读器中打开。 |
| 用 Git 跟踪变化 | 可以方便地逐行查看文本差异。 | 普通文本差异对比不适用于这种文件，应比较渲染后的页面或提取的文字。 |
| 代码和公式 | 代码便于复用；数学公式语法需要兼容的渲染器。 | 保存渲染后的效果，但不方便还原公式源代码。 |
| 图片 | 通常通过文件路径或网址引用图片，本地图片资源要与文件一同保存。 | 可以把图片嵌入文档，但应确认导出文件确实包含了它们。 |
| 批注和审阅 | 使用编辑器评论、代码仓库审阅或关联的讨论。 | 许多 PDF 阅读器支持批注；如果需要修订文字并跟踪修改，通常 DOCX 更适合。 |
根据保存之后的用途来选
用于 Obsidian 笔记、README 或研究草稿时，选择 Markdown。修改段落或复制代码都不用重新排版。纯文本文件通常较小，但随附的图片文件夹可能占用更多空间。
给别人阅读或打印的报告，选择 PDF。发送前检查宽表格和过长的代码行。PDF 并不天然等于只读、防篡改或符合档案保存规定，这些取决于具体文档与管理流程。
实用工作流：Markdown 留作源稿，PDF 用于交付
编辑时保留 project-notes.md，将图片文件夹放在旁边。需要发送审阅后的版本时，生成 project-notes.pdf。之后若修改源稿，应重新生成 PDF，避免两个版本内容不一致。
Markdown 转 PDF 需要渲染器决定字体、页边距和分页。PDF 转回 Markdown 时可能丢失表格结构、阅读顺序或公式源码。预计还要修改时，请保留原始 Markdown。
用于 ChatGPT 对话时
ChatShell 可将当前对话直接导出为 PDF 或 Markdown。PDF 在浏览器中生成，过程中可能需要获取字体。Markdown 适合导入笔记应用；如需下载图片，请启用图片选项，并将下载的资源放在一起保存。
Pro 批量导出支持 HTML、Markdown、DOCX 和 JSON，不支持 PDF。需要在 Word 中编辑可选择 DOCX，需要结构化处理可选择 JSON。JSON 导出不会自动把对话恢复到其他服务中。